城市发展新区：三高行业收惩罚性水电价
《意见》要求，城市发展新区将以实现资源优化配置和经济可持续发展为目标，科学利用环境承载力，严格执行环保负面清单制度，加快环保基础设施建设，强化污染治理，保护长寿湖、玉滩湖等重要湿地生态系统，提高区域发展的生态环境容量，建设人与自然和谐共生的大产业集聚区和现代山水田园城市。
在主城区主导风上风向20公里、其他方向5公里范围内禁止新建燃煤电厂、水泥、钢铁冶炼等污染严重项目。在区县中心城区及其主导风上风向20公里、其他方向5公里范围内和乡镇政府所在地及其周边3公里范围内，禁止新建燃煤电厂等污染严重的项目。将推进两个三级环境风险防范体系建设，建设化工园区环境空气自动监测站。此外，将对环保基础设施一体化建设项目予以补贴。制定针对高能耗、高水耗、高污染行业惩罚性的电价、水价政策。
渝东北生态涵养发展区、渝东南生态保护发展区：建立市级生态补偿基金
五大功能区域发展战略实施以来，渝东北生态涵养发展区、渝东南生态保护发展区不再盲目追求GDP，而将生态保护放到了更重要的位置。根据《意见》，渝东北生态涵养发展区和渝东南生态保护发展区将以加强三峡库区水环境保护和武陵山区生态环境保护、提高生态服务功能和增加生态产品供给为目标，加强生态涵养、生态修复和生物多样性保护，打造沿江绿色生态走廊，建设长江上游重要生态屏障、全国水资源战略储备库和全国重要生态功能区。
今后，垫江、梁平将禁止新建、扩建化工(精细化工除外)、造纸、印染、合成制药等水污染严重的项目，万州化工园及化工企业将执行重庆市化工园区主要水污染物排放标准。将加强秀山县、城口县和石柱县重金属污染风险防范。加强区域遥感监测及影像解译、数据核查及分析处理能力建设。此外，还将加大财政投入，建立市级生态补偿基金，加大对重点生态功能区和重要流域保护的转移支付力度。完善自然资源和生态产品价格体系，建立自然资源产权制度和用途管制制度，健全生态环境损害赔偿制度。
